《三教指归注》是日本平安时代高僧空海（774—835）所著《三教指归》的注释书，属于佛教护法类文献。空海即弘法大师，入唐求法，归国后创立真言宗，为日本佛教史上重要人物。《三教指归》原文以汉文写成，通过虚构人物“龟毛先生”（儒者）、“虚亡隐士”（道家）、“假名乞儿”（佛家）的论辩，最终归宗佛教，旨在调和儒释道三教并彰显佛法究竟。后世学者为便研读，遂有注本流传，《三教指归注》即其中一种，具体注者与成书年代因版本而异，常见有题为“释空海撰”或后人辑注者，内容多疏解文义、征引内典、阐释名相。
背景与成书
空海于延历二十三年（804）随遣唐使入唐，师从惠果学习密教，归国后除弘扬真言宗外，亦致力于教化与著述。《三教指归》作于其入唐之前，约二十余岁，为日本早期汉文论著之一，反映当时对儒道佛三教的理解与取舍。注书之兴起，与日本中世寺院教育及讲筵传统相关，僧侣为研习原文，积累注释，形成多种注本。《三教指归注》在流传中或附于原文，或单独成卷，为研究空海思想及日本三教关系的重要资料。
内容概要
注本通常先列原文，再以双行夹注或段落疏解形式，解释词语、典故、义理。如释“三教”之名，注引经论，说明儒教人伦、道教神仙、佛教因果之异同；对原文中“指归”一词，注家多解为“旨趣所归”，强调佛教为终极归趣。注文亦涉及佛教名相，如“四谛”“十二因缘”“菩提心”等，并引《法华经》《华严经》等经证。部分注本还保留中日僧人问答、科判结构，有助于理解原文组织。
文献价值
其一，思想史价值：注本保存了日本中世对《三教指归》的解读，反映佛教界如何回应儒道挑战，可补空海研究之细节。其二，文献学价值：注本所引古籍，部分今已散佚，可供辑佚与校勘；不同注本间的差异，亦可考察文本流传与接受史。其三，语言文学价值：注文多用汉文，间杂日文训点，是研究日本汉文学与训读史的材料。其四，宗教教育价值：注本作为寺院教材，体现佛教义学传承方式。
阅读建议
初读者宜先通读《三教指归》原文，了解三教论辩框架，再参看注本。阅读时注意注文与原文的对应关系，区分注家观点与空海原意。可结合空海传记、日本佛教史及三教关系研究著作，以把握背景。若遇名相，可查佛教辞典；若遇典故，可核原书。因版本较多，建议选用校勘精良、附有前言或解题的整理本，并留意注者与成书信息，避免混淆。对于非专业读者，可先读现代译注或研究导论，再进入古注。